विज्ञान एवं प्रौद्योगिकी में उन्नत अध्ययन संस्थान का बायोइन्फ़ॉर्मेटिक्स अवसंरचना केंद्र जैविक आँकड़ों का उपयोग करते हुए अनेक संगणनात्मक एवं सांख्यिकीय अनुसंधान हेतु आवश्यक संसाधन प्रदान करता है। समूह सभी प्रकार के अनुक्रम‑आधारित विश्लेषण करने में दक्ष है, जिनमें जीनोम, मेटाजीनोम एवं ट्रांसक्रिप्टोम का विश्लेषण सम्मिलित है। इसके अतिरिक्त, सुविधा में जटिल आणविक गतिशीलता सिमुलेशन चलाने, मशीन लर्निंग मॉडल प्रशिक्षित करने, केमिइन्फ़ॉर्मेटिक्स अनुकूलन करने आदि हेतु सॉफ़्टवेयर एवं वर्कस्टेशन उपलब्ध हैं। अवसंरचना संगणनात्मक एवं प्रणाली जीवविज्ञान के क्षेत्रों में प्रयुक्त लाइसेंस प्राप्त एवं मुक्त रूप से उपलब्ध सॉफ़्टवेयर कार्यक्रमों की विस्तृत श्रृंखला तक पहुँच प्रदान करती है।
वर्ष २०११ के दौरान, केंद्र को प्रारंभ में जैव प्रौद्योगिकी विभाग (डीबीटी), भारत सरकार से अनुदान द्वारा समर्थन प्राप्त हुआ। वर्ष २०२१ के उत्तरार्ध में, केंद्र को संस्थान के भीतर एक आंतरिक परियोजना के रूप में जारी रखा गया। केंद्र के कार्यों में कार्यक्रमों का अधिग्रहण, निर्माण एवं विकास तथा जैविक आँकड़ों का प्रबंधन सम्मिलित था, साथ ही विभिन्न प्रशिक्षण कार्यक्रमों एवं कार्यशालाओं के माध्यम से शोधकर्ताओं को शिक्षित करना भी। केंद्र ने चौथा स्थान प्राप्त किया और डीबीटी द्वारा “प्रकाशन हेतु प्रोत्साहन पुरस्कार‑२०१७” प्राप्त किया। केंद्र के सहयोगी अनुसंधान कार्यों ने प्रतिष्ठित सहकर्मी‑समीक्षित पत्रिकाओं में अनेक शोध लेख प्रकाशित करने में सफलता प्राप्त की।
केंद्र ने एनजीएस आँकड़ा विश्लेषण कार्यप्रवाह को सरल बनाने हेतु एक पाइपलाइन विकसित की और उच्च थ्रूपुट संगणनात्मक अवसंरचना सुविधाएँ विभिन्न स्वामित्व वाले बायोइन्फ़ॉर्मेटिक्स अनुप्रयोगों के साथ विकसित कीं, जिससे यह क्षेत्र के लिए उपलब्ध हो सका। केंद्र ने सूक्ष्मजीव बायोइन्फ़ॉर्मेटिक्स के क्षेत्र में आशाजनक परिणाम प्राप्त किए हैं, जैसे द्वितीय एवं तृतीय पीढ़ी अनुक्रमण आँकड़ों से सूक्ष्मजीव डी नोवो जीनोम असेंबली; प्रतिजैविक मेटाबोलाइट/स एवं जैवसंश्लेषी जीन क्लस्टरों का लक्षणन आदि।
केंद्र ने एक ऑनलाइन डेटाबेस विकसित किया है और वर्तमान में उसका रखरखाव कर रहा है, जिसका नाम है “प्रतिजैविक मेटाबोलाइट उत्पादक एवं पौध वृद्धि प्रोत्साहक सूक्ष्मजीव डेटाबेस (एएमपीपीपीएमडी)।”
विशिष्ट अनुसंधान एवं विशेषज्ञता के क्षेत्र:
- सम्पूर्ण जीनोम असेंबली एवं एनोटेशन नेक्स्ट जेनरेशन सीक्वेंसिंग एवं लंबी रीड तृतीय पीढ़ी अनुक्रमण (पैकबायो एवं ऑक्सफ़ोर्ड नैनोपोर) से।
- सूक्ष्मजीव पृथकणों का लक्षणन, प्रतिजैविक जैवसंश्लेषी जीन क्लस्टरों का पता लगाना, मार्गों का मेटाबोलोमिक विश्लेषण।
- बहु‑ओमिक्स विश्लेषण (आरएनए‑सीक्वेंस, प्रोटीमिक एवं मेटाबोलोमिक आँकड़ा विश्लेषण) अनुक्रमण आँकड़ों से।
- मेटाजीनोमिक्स आँकड़ा विश्लेषण एवं पाइपलाइन विकास क्यूआईआईएमई२ एवं आर प्रोग्रामिंग द्वारा, फ़ाइलोसीक एवं वेगन जैसे पैकेजों का उपयोग।
- केमिइन्फ़ॉर्मेटिक्स, आणविक गतिशीलता एवं संरचना विश्लेषण तथा प्रोटीन संरचनाओं का मॉडलिंग।
- जैविक, रासायनिक आँकड़े, अनुक्रमों का स्केलेबल डेटाबेस विकास, वेब आधारित उपकरणों (जैसे ब्लास्ट, जीनोम ब्राउज़र आदि) का विकास।
- आँकड़ा विज्ञान, सांख्यिकीय विश्लेषण, आँकड़ा दृश्यांकन एवं मशीन लर्निंग।
परियोजना समन्वयक
डॉ. देबजीत ठाकुर
सहायक प्राध्यापक‑२ एवं समन्वयक बीआईएफ़
जीव विज्ञान प्रभाग, आईएएसएसटी
फ़ोन: +91-7002295340
ईमेल: debajitthakur[at]iasst[dot]gov[dot]in